有機農産物および有機農産物加工食品の規格(JAS規格)が定められたのと同時に、JAS規格に適合するものであるかを第三者の認定機関が検査をし、それに合格して、『有機JASマーク』がつけられたものでなければ『有機大豆』、『有機トマト』、『有機納豆』、『有機豆腐』などの表示をしてはならないという制度が導入されました。
第三者の認定機関(登録認定機関)とは、認定の業務を適切に実施できるものとして農林水産大臣が認可し、登録された法人をいいます。
平成14年1月現在、全国で52の法人が登録されており、登録認定機関は生産農家、または製造業者からの申請に基づいて、栽培、生産、管理、製造の方法などについて調査を行い、ほ場または工場ごとに認定していきます。
このような制度の導入により、それまで見られた紛らわしい表示の使用が禁止されるとともに、有機農産物、有機農産物加工食品の品質の維持と向上が図られています。