動物性自然毒、植物性自然毒の2種類がある。

　動物性自然毒は、主に魚介類に見られ、魚類ではフグやツムギハゼ等（毒素：テトロドトキシン）・ ドクカマス等（毒素：シガトキシン ）・ アオブダイ等（毒素：パリトキシン ） 、貝類ではアサリ等二枚貝（毒素：サキシトキシン、ゴニオトキシン）・ホタテガイ （毒素：ジノフィシストキシン）・カキ （毒素：ベネルビン ）、甲殻類ではオオキガニ （毒素：サキシトキシン）がある。食中毒を防ぐための手段としては、フグの場合は、有毒部分が品種により異なることから、人の健康を損なう恐れがないと認められるフグの種類及び部位が示されている（フグの衛生確保について(フグの衛生確保について(平成一〇年九月三〇日)(生衛発第一四三二号))）。また、フグの調理は都道府県等の条例により許可制とされている。

　植物性自然毒は、毒きのこの誤食による事故が多く、毒きのこ以外では、可食性の植物で有毒成分を微量に含んでいるものとしてジャガイモの発芽部および緑色部（毒素：ソラニン）・青梅およびギンナン（毒素：アミグダリン） 、有毒成分含有植物で誤食しやすいものとしてトリカブト（毒素：アコニチン）による事故がある。
HACCP手法においては、生物由来（原料由来）の化学的危害原因物質としてHAを行う必要がある。

参照